К началу  90-х годов в стране сформировалась  разветвление систем таможенных платежей, различавшихся в зависимости от источника поступления: внешние пошлины (ввозные и отпускные) складочные и канцелярские сборы, сборы за наложение таможенных клейм, за бандероли, штрафные деньги, и т.д. Тариф 1891 года рассматривался правительством России в качестве минимального. В дополнению к нему путем прибавок создавался максимальный тариф. В 1893 году он был воплощен в жизнь в законе о двойном таможенном тарифе, согласно которому товары из стран, отказавших России предоставлении льготных условий для ввоза или транзита российских товаров, облагались пошлинам на 15-20% превышавшими обычные ставки. Закон 1893 года был направлен против Германии, которая отказывалась предоставить на товар из России режим наибольшего благоприятствования и подписать с ней торговый договор. Началась торговая война между Россией и Германией. После нескольких месяцев бессмысленной и изнурительной войны Россия и Германия пришли в 1894 году к соглашению и подписали торговый договор сроком на 10 лет. Приложенные к этому договору «конвенционный тариф» 1894 года частично смягчил систему протекционизма. По 125 статьям тарифа 1891 года понижение пошлин составило 10-33%. Договор 1894 года знаменовал собой принципиальный поворот в развитии международных торговых отношений. Во избежание похожих конфликтов европейские государства в 90-е годы XIX века стали отказываться от принципа таможенно-тарифной автономии и  подписывать двусторонние торговые конвенции, предусматривающие взаимные уступки и обязательства при выработке и корректировке национальных таможенных тарифов. Россия помимо Германии заключила подобное конвенционное соглашение с Францией, Австро-Венгрией, Болгарией, Италией и Португалией. По истечении срока действия русско-германского торгового договора в 1903 году был утвержден новый общий тариф, ставший последней значительной вехой в дореволюционном таможенно-тарифном законодательстве. Введенный в действие с февраля 1906 года содержал « целый ряд вновь  и отчасти весьма значительно повышенных ставок». Характеризуя в целом таможенную политику России конца?? XIX- начала XX в.в. следует подчеркнуть, что в эти годы она продвинулась вперед « по пути рационального построения таможенного протекционизма». К концу XIX века в России сложилась единая система таможенных органов. Центральный из них был Департамент таможенных сборов Министерства финансов, осуществлявший непосредственное руководство таможенным делом страны. При департаменте состояли члены особого присутствия по применению тарифа к товарам ( из чиновников торгово-промышленных учреждений и членов Совета торговли и мануфактур) и таможенные ревизоры, которым поручалась ревизия таможенных учреждений, расследование по контрабанде т.п. Нижестоящим звеном таможенной системы являлись таможенные округа. В состав каждого из них входило определенное число таможен, таможенных застав и переходных пунктов, разделявшихся в зависимости от « прав, предоставленных сим учреждениям по привозу и очистке пошлинных товаров» на

главные складочные таможни;

таможни первого класса;

таможни второго класса;

таможни третьего класса;

таможенные заставы;

переходные пункты.

Таможенные уставы 1904-1910 г.г. отразили происшедшие после 1892 г. перемены в таможенном деле. В частности, они больше не содержали статей, которыми определялись многочисленные права и обязанности пограничной стражи. Устав 1904 года впервые содержал раздел « О привозе иностранных товаров по железным дорогам». Устав 1910 года уточнил отдельные моменты, связанные с противодействием контрабандному ввозу, предоставив таможенным органам самостоятельно проявлять инициативу в производстве обысков и выемок контрабандных товаров в пределах ставерстной пограничной полосы.

    События первой мировой войны (1914-1918 г.г.) самым пагубным образом сказались на таможенном деле России. К осени 1917 года таможенная система России оказалась практически разрушенной. Деятельность большинства таможен в это время была приостановлена. Многие из них закрылись на длительный срок, а то и вовсе прекратили свое существование. Департамент таможенных сборов, входивший в состав  Мнистерства финансов бездействовал. Около года таможенным делом в стране руководил ЦК профсоюза таможенных работников, сформированный на съезде таможенных служащих в сентябре 1917 года .

    С зимы 1918 года Департамент таможенных сборов возобновил свою деятельность. В мае 1918 года в исключительное ведение центральной государственной власти было передано обложение перевозимых через границу товаров таможенной пошлиной и другими сборами. Одновременно управление всеми таможенными учреждениями как органами центральной Советской власти  вверялось Наркомату финансов. Таможни в своей работе объявлялись независимыми от местных властей, которые получали право ограниченного надзора за ними, без вмешательства в административную и распорядительную деятельность. При этом местные Советы наделялись правом назначения при таможнях комиссаров, осуществляющих общий надзор за их работой. Все эти положения закреплялись принятым 29 мая 1918 года декретом Совнаркома « О разграничении прав центральной  и местных Советских властей по собиранию пошлин и о регулировании деятельности местных таможенных учреждений». Фактически декрет от 290 мая 1918 года стал правовой основой формирования советских таможенных учреждений.

      В июле 1918 года Департамент таможенных сборов был переименован в Главное управление таможенного контроля с переподчинением его Наркомату торговли и промышленности (НКТиП). В ведение НКТиП (с июня 1920 года - Наркомат  внешней торговли  (НКВТ) перешло управление таможенным делом. Закреплялось новое содержание деятельности советской таможни. Ввиду реализации идеи о государственной монополии внешней торговли таможенный контроль ставился ее вспомогательным инструментом. Товары не продавались а распределялись. Внешнеторговый оборот оставался нерегулярным и незначительным.